גן אבינעם ניטע בשנת 1938 על ידי איטה ודוד ילין לזכר בנם שנרצח בפרעות בירושלים. הוא תוכנן בזמנו כגן בוטני שייצג את נופי החורש הים תיכוני וכלל חלקות חקלאיות מדגימות שונות.
מקימיו חזו כי "הגן ישמש גם מקום לימוד וגם מקום מנוחה לתלמידים ולציבור בירושלים, העיר שאין בה כמעט שום גן ציבורי… יהיה לתועלת לתלמידי בית המדרש למורים בשנות לימודיהם… ואף גם מורי כל הארץ יוכלו להשתמש בו בעלותם לירושלים"... (מתוך מסמכי תכנון הגן, ארכיון המכללה).
כיום שומר הגן על רוח מייסדיו ומהווה מרחב אקולוגי ללמידה חוץ כיתתית של מגוון תחומי דעת ברוח הקיימות. הוא מכיל פסיפס עשיר של מרחבים ובהם חלקות חורש, צמחי תבלין וירקות מאכל, צמחים מושכי פרפרים וציפורים, בריכת מים, גן גיאולוגי, משתלה, פינת קומפוסט ואת בית המלאכה. הלמידה והעבודה בגן משלבת עיסוק ביחסי גומלין סביבה-חברה- כלכלה עם הקניית מיומנויות התנהלות ידידותית לסביבה ולאדם.
