במסגרת לימודי תואר שני בחינוך לגיל הרך נלמדים קורסים ייחודיים כגון:
"ניתוח התנהגות", "עקרונות הCBT ופסיכולוגיה חיובית", "מניעת אלימות ופיתוח כישורים חברתיים", "ילדים עם קשיי הסתגלות למסגרת" – קורסים המתבוננים מכיוונים שונים על ההתמודדות היומיומית שיש לא.נשי מקצוע בגיל הרך עם ילדים עם בעיות התנהגות, ילדים מופנמים ועצורים הנוטים לחרדה מוגברת, הפרעות אכילה בילדות המוקדמת, אילמות סלקטיבית, בעיות קשב וקשיים נוספים של ילדים עם צרכים מיוחדים בגיל הרך. קורסים אלה מצטרפים לקורס נוסף "מצבי משבר, אבדן ואבל בגיל הרך", ולקורס "מיניות בגיל הרך ומוגנות מינית", שתורמים ידע על קשיים טיפוסיים נוספים בגיל הרך.
קורס "ביבליותרפיה לגננות: עבודה עם טקסט רגשי בגן" מלמד את עקרונות הביבליותרפיה וכיצד ניתן ליישמם בעבודת הגננת.
שני קורסים "ניהול היחסים בין המבוגרים בסביבת הגן" ו"הדרכה במסגרות לגיל הרך – עקרונות ודילמות" – עוסקים בניהול משברים בקרב המבוגרים במסגרת החינוכית לגיל הרך, ובכלים להובלת צוות ולהדרכת צוות (supervision).
קורס "אוריינות חברתית בגיל הרך" עוסק בשאלות: מתי ילדים מתחילים להבין לאיזו קבוצה חברתית הם משתייכים? איזה מסרים מועברים לילדים כבר בגיל הרך על סוגיות מרכזיות בחברה הישראלית? האם קיימת גזענות כבר בגיל הרך, ואיך ניתן למנוע זאת?